21世纪初人类创造了AI，这使得机器人技术高速发展，人类对机器的不公平待遇使得不满和反抗的情绪开始产生，B1-66ER是第一个反抗人类的机器人，随后战争爆发，机器人被驱逐杀戮，被迫逃到阿拉伯半岛建立了01city，随后的更大规模的战争爆发了，人类为了断绝机器的能量来源——太阳，就把天空烧焦了，当然战争是以人类的失败而告终的，为了有能量来源机器们利用人类来制造生物电来维持机器的存活，以便使人类为他们服务，就设计了矩阵(Matrix)来束缚人类，哪里有压迫哪里就有反抗，锡安(Zion)诞生了，这是人类最后的城市，不停地同机器做着斗争。
哲学、神学、无神论都在<黑客帝国>里有浓重的表现，诺斯替教的教徒也会注意到很多相关的主题。还有很多内容涉及印度教、佛教、道教和基督教，还蕴含启蒙、涅盘、重生的概念。对印度教和佛教的深度涉及包括自由意志对抗命运，还在电影的配乐中使用印度教的颂歌、理念、虚幻(Maya)、因果报应(Karma)和自然存在的多种观点。《黑客帝国》以很多方式解析真实、超现实，还有人的观点是实质的、物理的世界才是虚幻。
一些基督教自由主义者说我们正生活在这样的世界，离开这个世界的方法就是被教化、启蒙。他们相信达到启蒙的人有亚伯拉罕(相传为希伯来人的始祖)、摩西(《圣经》故事中犹太人古代领袖)、施洗约翰、耶稣和穆罕默德(伊斯兰教创始人)。他们认为电影中尼奥(Neo)、墨菲斯(Morpheus)和Cypher对应圣经新约中的耶稣、施洗约翰和犹大。这些基督教自由主义者相信黑客帝国和现实唯一的区别是，外部世界应该是天堂而不是电影中描述的黑暗的世界。
现在有许多书和网站探讨黑客帝国哲学，其中最主要的探讨是这个问题：我的世界是真实的还是虚拟的？这个问题也因为其他电影而提出，比如eXistenZ和The Thirteenth Floor(都和《黑客帝国》同年发行，但在票房和受注意度都不及《黑客帝国》)。还有相似的电影，The Truman Show(《楚门的世界》)和Abre los ojos(翻拍为Vanilla Sky)。这个学说还被哲学家Nick Bostrom升级，写成《你生活在一个电脑世界吗?》
先知(Oracle)的角色类似古希腊神话中的先知角色，细致的说，她对Neo的警告十分类似神话中先知给斯巴达王Leonidas在塞莫皮莱大战前的警告。在希腊神话中，她警告Leonidas说，要么他的城市被毁灭，要么一个斯巴达国王必须死去，所以Leonidas必须选择自己的生命或是整个城市的命运。深远的说，如果Neo选择救自己的命，Smith就能从Morpheus那里得到进入Zion城的密码，那Zion就会毁灭。所以，根本上说，Neo的选择和Leonidas一样：他自己的生命，或是整个城市的命运。
《黑客帝国》背后的观点基于哲学的认识论，比如柏拉图的洞穴理论和笛卡尔的《第一哲学沉思录》。在一个唯物论的著名的实验中，物体只是缸中之脑；《黑客帝国》里，Neo是被装在营养皿中。是否选择红药片，接受真实的选择类似上世纪70年代的一个美国哲学家罗伯特·诺兹克(Robert Nozick)设想的一个实验。
后现代思潮在电影中也有重要的地位。在电影开头，Neo藏非法软件的书是法国哲学家让·鲍德里亚(Jean Baudrillard)的《模仿和拟像》(Simulacra and Simulation)，这部作品描述了基于拟像的超现实体验，人们往往用鲍德里亚的哲学来论证《黑客帝国》是对现代商业化、媒体化社会的寓言。
Morpheus的著名台词”pulled over oureyes to blind us from the truth”(拉到我们眼前来使我们看不到真实)直接来自Charle Peirce的言论。
CHAPTER I
黑客帝国的故事与历史和文学有众多的联系，包括《爱丽丝漫游仙境》、救世主信仰、佛教、诺斯替教和威廉吉布森(William Gibson)的小说，特别是《神经漫游者》。吉布森在世界范围内普及了虚拟现实和计算机网络的界面，他还在自己的蔓生三部曲中首次使用了Matrix这个词。然而其名字和概念显然出自更早的1976年英国科幻电视剧系列Doctor Who，使用了Matrix作为虚拟现实的代名词(在吉布森的小说中具体指代网络拟像)。第一个写作关于虚拟现实的作家是Daniel F. Galouye，在1964年出版了Simulacron Three。
人工智能打败人类的概念先前被数百部科幻作品触及到，很多人认为黑客帝国系列受到Philip K. Dick作品的影响，不只是因为包含了大量诺斯替教的教义和预言，还有后启示录世界与机器打仗，世界被机器控制、人类藏于地下的创意最早出自1909年E.M. Forster的短篇小说Machine Stops。
《黑客帝国》剧情类似吉布森的《神经漫游者》的基本走向，这并不奇怪，因为《黑客帝国》和《神经漫游者》都是相同的赛博朋克，属于软科幻（《神经漫游者》的出版造成了对赛博朋克普遍深入的影响）。两个故事中，一个黑客被招募执行一项艰难的任务，相似之处有黑客英雄、女性助手和恶意的虚拟对手。
两部作品仍然有极大的不同之处，比如说，吉布森的人类图灵机police（《攻壳机动队》等作品的创意来源）限制人工智能的增长；Matrix中的特工则相反，是AI限制人类的增长。吉布森的作品表现了人类必须在AI能源冬天的时候行动，最后也是好人获得胜利；相反的，黑客帝国中人类和AI的关系模糊了正义与邪恶的界限，以这个立场来看，黑客帝国中叙述性的内容时常与《神经漫游者》相反。
两者之间另一个联系是一个叫做Zion的地方。《神经漫游者》中，Zion是由塔法里教徒创建的殖民地，是主要角色在到达自由乐土之前休息的地方，是一个巨大的轨道站，小说的最后部分就发生在这里；《黑客帝国》中Zion是自由人类的地下家园，这很有可能是一个巧合，因为Zion是一个常用的神话城市隐喻，代表人类的最后希望。Zion在黑客帝国中的使用既是一个隐喻，又是表达对吉布森的敬意。
黑客帝国和Frank Herbert的小说Dune也有相似之处，人和机器的战争蕴含宗教暗示。其他的相似之处出现在<黑客帝国3矩阵革命>中，Neo在与敌人搏斗中弄瞎了，但仍然可以看见，但”看见”的方式不同了，Paul Muad’Dib在Dune中也一样。在那之后，Neo看见了一条“金色大道”，在Dune中则被称为“选择”，Dune中的Muad’Dib没有选择这个，而在《黑客帝国3矩阵革命》中，Neo选择了这条路。还有，Neo选择牺牲自己来达到和平，Paul Muad’Dib放弃了一切到Dune Messiah的沙漠来拯救他帝国里的人民。但并不是说《黑客帝国》大量受这部书的影响，《黑客帝国》中的各项举动都是来自宗教概念，科幻作品大量的相似性是由于宗教观念的普及导致的。
CHAPTER II
什么是Matrix(矩阵)？
Matrix的本意是子宫、母体、孕育生命的地方，同时，在数学名词中，矩阵用来表示统计数据等方面的各种有关联的数据。这个定义很好地解释了Matrix代码制造世界的数学逻辑基础。在电影中，Matrix不仅是一个虚拟程序，也是一个实际存在的地方。在这里，人类的身体被放在一个盛满营养液的器皿中，身上插满了各种插头以接受电脑系统的感官刺激信号。人类就依靠这些信号，生活在一个完全虚拟的电脑幻景中。机器用这样的方式占领了人类的思维空间，用人类的身体作为电池以维持自己的运行。
在电影中，Matrix是一套复杂的模拟系统程序，它是由具有人工智能的机器建立的，模拟了人类以前的世界，用以控制人类。在Matrix中出现的人物，都可以看做是具有人类意识特征的程序。这些程序根据所附着的载体不同有三类：一类是附着在生物载体上的，就是在矩阵中生活的普通人；一类是附着在电脑芯片上的，就是具有人工智能的机器；这些载体通过硬件与Matrix连接。而另一类则是自由程序，它没有载体，诸如特工、先知、建筑师、梅罗文加、火车人等。
Matrix是一个巨大的网络，连接着无数人的意识，系统分配给他们不同的角色，就象电脑游戏中的角色扮演游戏一样，只是他们没有选择角色的权利和意识。人类通过这种联网的虚拟生活来维持自身的生存需要，但Matrix中的智能程序，也就是先知的角色，发现在系统中有1%的人由于自主意识过强，不能兼容系统分配的角色，如果对他们不进行控制就会导致系统的不稳定，进而导致系统崩溃。因此编写Matrix的智能程序，也就是建筑师就制造了“救世主”，让他有部分自主意识，并成为觉醒人类的领袖，带领他们建造了锡安。